Eurooppaliikkeen kattojärjestönä Suomessa järjestö koordinoi merkittävää kansalaisjärjestöverkostoa ja toimii tiiviissä yhteistyössä yhteisöjäsentensä kanssa, vaikuttaen kattojärjestönsä EMIn ja sen 39 maassa toimivien kansallisten jäsenjärjestöjen sekä 38 kansainvälisen jäsenyhdistyksen kanssa Euroopan unioniin ja sen jäsenmaiden toteuttamaan politiikkaan.

Eurooppaliikkeeseen kuuluvat kiinteästi Eurooppalaisen Suomen viisi sisarjärjestöä eli Eurooppanuoret ry, Eurooppanaiset ry, Eurooppafederalistit ry, Euroklubi ry ja Euroopan kulttuuriyhdistys – EKSO ry. Sisarjärjestöt ovat Eurooppalaisen Suomen jäsenjärjestöjä, mutta toimivat itsenäisenä osana Eurooppaliikettä omien tavoiteohjelmiensa puitteissa.

Kansalaisjärjestötoiminnan rinnalla Eurooppalainen Suomi toimii aktiivisesti suomalaisten instituutioiden, organisaatioiden, yhdistysten ja poliittisten liikkeiden kanssa. Eurooppalaisen Suomen 13 yhteisöjäsentä ovat keskeisessä asemassa Eurooppaliikkeen hanke-, julkaisu- ja vaikuttamistoiminnan suunnittelussa ja toteuttamisessa. Yhteisöjäsenten edustus Eurooppalaisen Suomen hallituksessa mahdollistaa tiiviit yhteydet järjestöjen välillä.

Eurooppalaisen Suomen yhteisöjäseniä ovat:

• Suomen Ammattiliittojen Keskusjärjestö SAK
• Fingo – Suomalaiset Kehitysjärjestö ry
• Elinkeinoelämän keskusliitto EK
• Akava
• STTK
• Julkisten ja hyvinvointialojen liitto JHL ry
• Maa- ja metsätaloustuottajain Keskusliitto MTK
• SaferGlobe ry
• Suomen Ammattiin Opiskelevien Liitto – SAKKI ry
• Suomen opiskelijakuntien liitto – SAMOK ry
• Suomen ylioppilaskuntien liitto – SYL ry
• Suomen Lukiolaisten Liitto
• Suomen Opiskelija-Allianssi – OSKU ry
• Finlands Svenska Skolungdomsförbund

Yhteisöjäsenten ohella tiiviitä suhteita ylläpidetään kaikkiin eduskuntapuolueisiin, joista useilla on myös edustus Eurooppalaisen Suomen hallituksessa. Poliittiset puolueet eivät kuitenkaan ole järjestön jäseniä eivätkä käytä muodollista valtaa järjestön vuosikokouksissa.